Bevor er sich der (Musik-)Theaterregie widmete, stand Stephan Witzlinger zunächst 13 Jahre als Musicaldarsteller auf der Bühne und wirkte in zahlreichen Theaterproduktionen mit. Während seines Studiums der Theaterwissenschaft an der Universität Wien begann er, eigene Regiearbeiten mit Amateurensembles zu verwirklichen. Im professionellen Bereich folgten bald mehrere Uraufführungen: eine selbstverfasste Adaption von Alice im Wunderland, Das wichtigste und größte Buch der wortgewandtesten Wörter sowie Dumpfbacke. Mit Anatevka inszenierte er sein erstes Musical. Es folgte im Februar 2020 Peter Maxwell Davies’ Die beiden Fiedler an der Staatsoper Hamburg, wohin er 2023 für Die Reise zum Mond zurückkehrte. Seit der Spielzeit 2021/22 ist er als Abendspielleiter am Theater Erfurt engagiert. Im Frühjahr 2022 brachte er mit großem Erfolg Joseph and the Amazing Technicolor Dreamcoat zur Premiere. In der Spielzeit 2022/23 wurde seine erfolgreiche Inszenierung des selbst verfassten Stücks Rotkäppchen muss weinen in Koblenz und am Theater Erfurt gezeigt. Außerdem übernahm er kurzfristig die Regie von Glucks Telemaco am Theater Erfurt. 2023/24 folgten hier die Inszenierungen des Musicals Titanic sowie 2024 die Eröffnungspremiere Tosca.