Berthold Warnecke gehört dem Ensemble des Theaters Erfurt seit der Saison 2007/08 als Musikdramaturg an. In derselben Funktion sowie als Persönlicher Referent des GMD war er zuvor von 1998 bis 2007 am Theater Münster bzw. beim Sinfonieorchester Münster engagiert. Seit 2007 ist er darüber hinaus Intendant des Musikfestivals Schloss Cappenberg (Künstlerische Leitung: Mirijam Contzen).

Als Produktionsdramaturg arbeitete er an der Seite von Regisseuren wie Matthew Ferraro, Lorenzo Fioroni, Rosamund Gilmore, Jean-Louis Grinda, Michael Hampe, Dietrich Hilsdorf, Stephen Lawless, Guy Montavon, Gabriele Rech, Pamela Recinella und Michael Schulz. 2006 betreute er in Münster als Dramaturg die Michael Jary-Revue von Götz Alsmann. Prägende Erfahrungen gewann er außerdem durch die Zusammenarbeit mit Katharina Thalbach, Werner Schneyder und insbesondere Dominique Horwitz, für dessen Revue Musik Macht Manipulation er als Autor verantwortlich zeichnete (UA Mai 2015, WDR Funkhausorchester Köln). Künftige Projekte werden ihn u.a. erstmals mit Katharina Wagner zusammenführen. Im April und Mai 2016 war er als Gastdramaturg für die Neuinszenierung von Luigi Cherubinis Medea an der Opéra de Nice Côte d'Azur engagiert. (Regie: Guy Montavon).

Regelmäßig arbeitet er in Oper und Konzert mit zeitgenössischen Komponisten zusammen, u.a. Azio Corghi, Franz Hummel, Volker David Kirchner und Alois Bröder, dessen erste Oper Die Frauen der Toten (UA 2013 am Theater Erfurt) Berthold Warnecke gewidmet ist.
1971 in Münster geboren, absolvierte er ein Studium der Musikwissenschaft, Germanistik und Romanistik an der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster und an der Scuola di Paleografia e Filologia Musicale in Cremona (Italien); 1999 wurde er promoviert. 2005–2007 war er Lehrbeauftragter am Musikwissenschaftlichen Seminar der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster, seit 2013 hat er einen Lehrauftrag am Kommunikationswissenschaftlichen Seminar der Universität Erfurt inne. Er verfasste Opernübersetzungen, u.a. zur Uraufführung von Azio Corghis Einakter Senja (nach Tschechow) sowie zuletzt zu Händels Agrippina für das Theater Erfurt. Als Autor von Programmheftbeiträgen war er u.a. für das Konzerthaus Dortmund, die Oper Frankfurt und die Deutsche Oper Berlin tätig. Er ist Mitherausgeber der Dokumentationen Der „Ring des Nibelungen“ in Münster. Der Zyklus von 1999 bis 2001 und Musik und Szene Münster 1992-2004. Musiktheater – Szenische Konzerte – Symphoniekonzerte.
Mit Beginn der Spielzeit 2016/17 wird Berthold Warnecke Operndirektor am Mainfranken Theater Würzburg.