Seit Beginn der Spielzeit 2012/13 ist Mihkel Kütson Generalmusikdirektor der Niederrheinischen Sinfoniker und des Theaters Krefeld und Mönchengladbach. Dort dirigiert er in der Saison 2022/23 unter anderem die Premieren von Richard Wagners Der fliegende Holländer, Bellinis La Sonnambula, Giacomo Puccinis Madama Butterfly sowie die Wiederaufnahme von Antonín Dvořáks Rusalka. Im März 2020 verlängerte er seinen Vertrag vorzeitig bis zum Ende der Spielzeit 2026/27.

Geboren in Tallinn (Estland), studierte er zunächst in seiner Heimatstadt und dann als Stipendiat des Deutschen Akademischen Austauschdienstes in der Dirigierklasse von Prof. Klauspeter Seibel an der Hochschule für Musik und Theater in Hamburg. Meisterkurse bei Kurt Sanderling, Fabio Luisi und Kurt Masur prägten seinen Werdegang.

Mit 27 Jahren wurde er zum Generalmusikdirektor des Theaters Vanemuine und des Vanemuine Sümfooniaorkester in Estland berufen. Von 2001 bis 2006 war er eng mit der Niedersächsischen Staatsoper Hannover verbunden, zunächst als Gastdirigent und von 2002 an als Erster Kapellmeister. Dort hatte er die Möglichkeit, sein breites Repertoire weiter auszubauen. 2002 wurde Mihkel Kütson ins Förderprogramm „Dirigentenforum“ des Deutschen Musikrates aufgenommen und erhielt im Oktober 2006 als erster Dirigent den Deutschen Dirigentenpreis. Von 2007 bis 2012 war er Generalmusikdirektor am Landestheater Schleswig-Holstein.

Als Gastdirigent arbeitete er u. a. an der Dresdner Semperoper, der Komischen Oper Berlin, der Estnischen Nationaloper und der Deutschen Oper am Rhein sowie mit zahlreichen Orchestern wie der Staatskapelle Dresden, dem WDR Sinfonieorchester, dem Radio-Sinfonieorchester Stuttgart des SWR, dem Rundfunk-Sinfonieorchester Berlin, dem NDR Elbphilharmonieorchester, dem Deutschen Symphonie-Orchester Berlin, den Düsseldorfer Symphonikern, den Nürnberger und Stuttgarter Philharmonikern, dem Tonkünstler-Orchester Niederösterreich, dem National Symphony Orchestra of Ireland und dem Bogotá Philharmonic Orchestra zusammen.