Der französische Dirigent ließ sich am Konservatorium in Genf sowie am Opernhaus Zürich ausbilden und gewann dort den ersten Preis in Orchesterleitung (Prof. Manfred Honeck). In der Folge wurde er von Sir Simon Rattle als zweiter Kapellmeister beim Glyndebourne Festival engagiert und war in gleicher Position von 2000 bis 2004 an der Opéra National de Paris verpflichtet. 2004 wurde er fester Gastdirigent des Orchestre National de Lyon und war zudem in gleicher Funktion von 2005 bis 2009 beim Orchestre Symphonique de Mulhouse beschäftigt. 2008 wurde er Kapellmeister der Vlaamse Opera in Antwerpen/Gent, von 2013 bis 2017 war Yannis Pouspourikas 1. Kapellmeister am Aalto-Theater Essen.

Neben der Oper wird er auch im symphonischen Repertoire geschätzt und leitete Orchester u.a. in Monte-Carlo, Genève, Madrid, Strasbourg, Braunschweig, Wuppertal, Bochum, Sevilla und Los Angeles.

Yannis Pouspourikas war regelmäßiger Gastdirigent an der Opéra National de Paris, an der Staatsoper Budapest und beim Staatsorchester Thessaloniki, eine enge Zusammenarbeit verbindet ihn mit der Philharmonie Konstanz. In der vergangenen Spielzeit dirigierte er das Wiener Tonkünstler und demnächst mit einem Tschaikowsky-Programm dorthin zurück. Künftige Engagements beinhalten unter anderem die 11. Sinfonie von Schostakowitsch in Biel sowie ein Gala-Programm an der Opéra National de Paris.

Seit der Spielzeit 2020/21 ist Yannis Pouspourikas 1. Kapellmeister am Theater Erfurt. In dieser Saison wird er hier unter anderem Christian Josts Dichterliebe, Die Fledermaus, das 2. Sinfoniekonzert und das Neujahrskonzert dirigieren.