Nicolas Krüger studierte Klavier bei Alain Planès und schloss seine Studien in Harmonielehre, Kontrapunkt, Klavierbegleitung und Chor- und Orchesterleitung am Conservatoire National Supérieur de Musique in Paris mit großem Erfolg ab. Zunächst war er Studienleiter und Chorrepetitor am Orchestre de Paris und arbeitete regelmäßig mit Dirigenten wie Pierre Boulez, Lorin Maazel, Franz Brüggen oder Wolfgang Sawallisch. Nicolas Krüger dirigierte als Gast sinfonische Konzerte mit dem Orchestre National de Lille, dem Orchestre d’Auvergne, dem Orchestre Régional de Normandie, dem Orchestre de La Grande Écurie, dem Ensemble Instrumental de Nice und dem Kölner Kammerorchester.

Als Operndirigent war er tätig an den Opernhäusern in Nizza, Lille, Toulon, Antwerpen, Rouen, Dijon, Limoges, Tours, Wladiwostok, Hong Kong und Bangkok.

Er dirigierte in den letzten Spielzeiten u.a. Bizets Carmen an der Opéra de Nice Côte d’Azur und an der Oper Wladiwostok, Cherubinis Médée und Debussys Pelléas et Mélisande an der Opéra de Dijon, Mozarts La clemenza di Tito an den Opernhäusern in Nantes und Rennes sowie Beethovens Fidelio mit La Grande Écurie an der Oper Tourcoing.

Darüber hinaus lehrt Nicolas Krüger das Fach Orchesterleitung am Conservatoire Royal de Musique /ARTS2 in Mons, Belgien. Im Jahr 2022 gründete er mit dem Solisten Loan Cazal ein Kammerorchester, das unter dem Namen Libertalia die besten Musiker und Nachwuchsmusiker Europas im Rahmen von Kammermusik vereint.

Nicolas Krüger war während der Spielzeit 2018/19 Musikalischer Leiter und Chefdirigent des Leipziger Symphonieorchesters, mit dem er ein sinfonisches Offenbach-Programm aufzeichnete.