Der gebürtige Berliner Marcus Merkel studierte Dirigieren, Komposition, Klavier und Gesang in Berlin. In seiner Jugend wurde er außerdem als Jazz-Pianist und Sänger sowie am Kontrabass und am Saxophon ausgebildet. Er gewann u. a. vier Mal den Bundeswettbewerb Komposition und jüngst den Wettbewerb für die Festfanfare der Technischen Universität Graz. Kurse besuchte er unter anderem bei Gianluigi Gelmetti, Hospitant war er bei Christian Thielemann in Bayreuth. Marcus Merkel gründete noch während seines Studiums die Junge Philharmonie Berlin und ist seitdem deren künstlerischer Leiter. In dieser Zeit dirigierte er auch ein Festival in Kyoto (Japan), leitete für die Education-Abteilung der Berliner Philharmoniker einen Dirigier-Workshop und sprang für Julien Salemkour bei einer Produktion von Le nozze di Figaro in Rostock ein.

Ab der Saison 2015/16 war er zunächst als Solorepetitor mit Dirigierverpflichtung, später als Kapellmeister an der Oper Graz engagiert und dirigierte dort u. a. Die Königskinder, Norma, Don Carlo, La Forza del Destino und Der fliegende Holländer. Einstudierungen leitete Marcus Merkel von Premieren wie Die Fledermaus, Candide und Les pêcheurs de perles. Einige Höhepunkte während seiner Zeit in Graz waren Ariadne auf Naxos in Amsterdam, die Einstudierung aller Beethoven Klavierkonzerte für Rudolf Buchbinder, das Verdi Requiem im Berliner Dom, Fidelio (konzertant) mit Sir Bryn Terfel sowie eine Tosca (halbszenisch) mit Kristine Opolais, Jonas Kaufmann und Ludovic Tézier. Darüber hinaus gründete Merkel die Jungen Konzerte Graz, mit denen er regelmäßig Konzerte von jungen Musiker:innen für junge Menschen veranstaltet. Um seine Führungskompetenz zu erweitern, absolvierte er nebenbei ein Master of Business Administration Studium.

Seit der Saison 2022/23 ist Marcus Merkel Chefdirigent am Theater Koblenz, wo er sich bereits im April 2022 mit einem neuen Parsifal vorstellte. In seinem ersten Jahr als Chefdirigent debütierte er beim Antwerp Symphony Orchestra und studierte in Koblenz die Premieren von Freischütz, La Traviata und Nixon in China ein. Im Sommer 2023 feierte er in Graz mit einer Carmen mit Elina Garanča, Ramón Vargas und Erwin Schrott einen großen Erfolg. In der Saison 2023/24 studiert er in Koblenz La clemenza di Tito, Hänsel und Gretel sowie Ariadne auf Naxos ein. 2024/25 kehrt er zum Antwerp Symphony Orchestra für ein Sinfoniekonzert zurück, debütiert am Teatro Real mit einer Gala und an der Semperoper Dresden mit einer Aufführungsserie der Fledermaus.