Johannes Beckmann studierte Violine bei Prof. Mintcho Mintchev in Essen sowie bei Prof. Leonora Geanta an der Hochschule für Musik und darstellende Kunst in Wien. Ab 1995 folgten ein Studium der Musikwissenschaft und der Philosophie an den Universitäten Bochum, Bonn und Hamburg. Im Anschluss an das Magisterexamen 2000 folgten freiberufliche Tätigkeiten als Kulturjournalist für den Westdeutschen Rundfunk Köln, als Lektor bei Boosey&Hawkes / Bote&Bock in Berlin sowie als Konzertdramaturg und Autor für das Beethovenfest Bonn, die Ludwigsburger Schlossfestspiele, die Internationale Bachakademie und das SWR-Rundfunk-Sinfonieorchester Stuttgart. Von 2004 bis 2007 arbeitete er als Künstleragent im Bereich Musiktheater Solo der Zentralen Bühnen-, Fernseh- und Filmvermittlung. 2007 wurde Johannes Beckmann unter der Intendanz von Prof. Gerd Uecker als künstlerischer Produktionsleiter und Leiter des künstlerischen Betriebsbüros an die Sächsische Staatsoper Dresden engagiert. Ab 2010 unter der Intendanz von Dr. Ulrike Hessler arbeitete er als künstlerischer Projektleiter und Stellvertreter des Operndirektors in künstlerischen Fragen weiter an der Semperoper Dresden.

Ab 2013 war Johannes Beckmann in Elternzeitvertretung künstlerischer Betriebsdirektor und Stellvertreter des Generalintendanten am Theater Erfurt. Seit Beginn der Spielzeit 2014/15 ist er als stellvertretender Generalintendant weiterhin am Theater Erfurt tätig. An der Hochschule für Musik und Theater Hamburg hatte er bis 2017 eine Gastdozentur für „Theaterpraxis“ inne.