Jakob Peters-Messer wurde, nach dem Studium der Musiktheaterregie, von Götz Friedrich an die Deutsche Oper Berlin verpflichtet. Seit 1994 arbeitet er als freischaffender Regisseur. Der Schwerpunkt eigener Inszenierungen lag zunächst auf dem Feld der Neuen Musik und im Barock. Sein besonderes Interesse gilt der Entdeckung unbekannterer Opern wie Schostakowitschs Die Nase, Max von Schillings Mona Lisa, Mascagnis Iris, Szymanowskis König Roger, Zemlinskys König Kandaules oder Erich Wolfgang Korngolds Das Wunder der Heliane.

Jakob Peters-Messer ist im deutschsprachigen Bereich und international tätig. So mehrfach in der Schweiz, den Niederlanden und in Frankreich. Mit Giulio Cesare brachte er 2006 die erste szenische Aufführung einer Händeloper in Israel an der Israeli Opera in Tel Aviv auf die Bühne. Überregionale Beachtung fanden Giacomo Meyerbeers Vasco de Gama am Theater Chemnitz (2013) und Ein Feldlager in Schlesien an der Oper Bonn (2022), sowie seine Tristan und Isolde- Inszenierung an der Nederlandse Reisopera, die 2013 von Publikum und Kritikern in den Niederlanden zur Oper des Jahres gewählt wurde. Für die Oper Leipzig entstanden Verdis Don Carlo (2017) und Il trovatore (2020), an der Staatsoper Hannover Turandot (2026). Die Uraufführungsinszenierung von Siegfried Matthus‘ letzter Oper Effi Briest kam 2019 am Staatstheater Cottbus heraus. Fremde Erde von Karol Rathaus am Theater Osnabrück wurde 2022 in der Kategorie „Beste Inszenierung Musiktheater“ für den Faust Theaterpreis nominiert.

Zweimal war Jakob Peters-Messer Gast am Theater Erfurt. Die Uraufführungsinszenierung von Jeffrey Chings Das Waisenkind erhielt den Publikumspreis „Beste Oper der Spielzeit 2009/2010“. Tosca sahen bei den Domstufen-Festspielen 2016 mehr als 20.000 Zuschauerinnen und Zuschauer.